Pour pouvoir financer l’effort de reconstruction de l’après-guerre et la mécanisation de l’agriculture, le Crédit Agricole intensifie la collecte pour compléter les ressources venues de l’Etat. Les Caisses régionales ouvrent de nombreux bureaux (1 000 en 1947, 2 259 en 1967) tandis que les démarcheurs placent des bons à 5 ans et les obligations à long terme créées en 1950. Ces progrès de la collecte mettent le Crédit Agricole en situation de s’autofinancer à partir de 1963.
En 1945, est créée la Fédération Nationale du Crédit Agricole (FNCA), association de représentation des Caisses régionales auprès des pouvoirs publics et de la CNCA. « Refondée » en 1947, elle va jouer un rôle croissant dans la formation du personnel et surtout l’extension des compétences du Crédit Agricole, notamment pour offrir aux déposants les crédits et services attendus en retour des dépôts. À cet égard, 1959 constitue une date importante car le Crédit Agricole est autorisé par décret à financer le logement principal en milieu rural, quel que soit le statut du propriétaire.
Le Crédit Agricole devient l’outil financier des lois d’orientation agricole de 1960 et 1962, qui visent à donner la parité sociale et économique aux paysans français face aux autres secteurs de l’économie et à les préparer à affronter la concurrence du Marché commun. C’est à partir d’un décret d’application de 1965 que ces mesures vont donner leur plein effet. Grâce à un ample renouvellement des dirigeants à la fois dans les Caisses régionales et à la Caisse Nationale (Paul Driant, premier Président issu du monde agricole en 1960, Jacques Mayoux, Directeur général en 1963), l’institution Crédit Agricole se modernise profondément.